Такая сфера медицины, как эндоскопия, представляет собой потенциальный источник внутрибольничной инфекции. Некоторые исследования уже прослеживали распространение инфекции через загрязненные эндоскопы, в том числе и через  видео эндоскоп. Для предотвращения таких случаев используются различные методы.
Специалисты обращали своё внимание на эффективность автоматических машин, которые моют и стерилизуют инструменты, другие – на ручной обработке, которую иногда требует видео эндоскоп. Учитывая все  недостатки и недоработки автоматических стерилизующих машин, было предложено пользоваться вспомогательными ручными приспособлениями для очистки эндоскопов, необходимой перед их применением. Было отмечено, что каналы воды и воздуха могут переносить инфекционные заболевания. Очистка этих каналов щеткой обязательна для дезинфекции высокого уровня.
Необходимо тщательно проводить работы по преобразованию базового дизайна: в этом нуждается и видеоэндоскоп.  Слизь и другие выделения удалять следует обязательно, в противном случае эти субстанции могут образовать биологическую пленку, которая мешает доступу дезинфицирующего средства, такого как глютаральдегид.
Большинство инструкций рекомендует очищать каналы отсоса и инструментов щеткой. Но, следует отметить, что ни одна из подобного рода инструкций не предполагает необходимости очистки других источников инфекции, таких как:  каналы воздуха и воды, хотя эти каналы постоянно соприкасаются с возможно инфицированными субстанциями, во время того, как видеоэндоскоп используется врачом.
Также тщательная дезинфекция необходима для таких медицинских инструментов, как сигмоидоскопы.  Они предназначены для введения их через задний проход с целью исследования прямой и сигмовидной ободочной кишки, их слизистой оболочки. Стандартные сигмоидоскопы  состоят из хромированной или стальной трубки длина которой составляет 25 см, а диаметр -  3 см. На конце этой трубки находится лампочка и воздуходувный баллон для того чтобы доставлять воздух в кишечник. В наши дни можно отметить переход  на более активное использование волоконно-оптических сигмоидоскопов длиной около 60 см. Они более удобны в применении и дают высококачественные результаты. Поэтому их дезинфекция крайне важна.